Отделение лучевой, инструментальной и функциональной диагностики является важным структурным подразделением Центра, где выполняются ключевые методы рентгенологической и эндоскопической диагностики туберкулеза, а также ультразвуковые исследования, электрокардиография и исследования функции внешнего дыхания.

В отделении функционирует 6 рентгенологических кабинетов и один кабинет компьютерной томографии, что позволяет проводить качественную рентгенологическую диагностику туберкулеза. Также успешно выполняются УЗИ различных органов, спирометрические исследования функций внешнего дыхания, ЭКГ и аудиометрия у больных туберкулезом.

Вместе с тем в отделении активно используются эндоскопические методы диагностики и лечения органов дыхания. Эндоскопический кабинет отделения оснащен парком первоклассных видеоэндоскопов, благодаря которому достигается точная верификация не только сложных случаев туберкулеза легких, но и диагностика онкологической и другой патологии органов дыхания. Наряду с диагностической эндоскопией, в отделении успешно используются современный метод эндоскопического лечения - клапанная бронхоблокация. Благодаря внедрению клапанной бронхоблокации достигается эффективное лечение без оперативного вмешательства сложных случаев туберкулеза – остановка легочного кровотечения, закрытия свищей в легком и туберкулезной каверны. Также проводятся эндоскопические исследования желудочно-кишечного тракта.

Отделение оказывает консультативную помощь региональным противотуберкулезным организациями, активно участвуя в обучающих программах.