Основная задача отделения - оказание специализированной хирургической помощи больным с легочным туберкулезом. Ежегодно в отделении проводятся более 200 оперативных вмешательств.

Легочно - хирургическое отделение Казахского научно - исследовательского института туберкулеза было организовано в  1934 г. Изначально в отделении лечили больных легочным туберкулезом искусственным пневмотораксом, пережиганием спаек, экстраплевральным пневмотораксом и торакопластикой. В 50-ые годы в легочно-хирургическом отделении начали выполняться различные виды резекций легких по поводу туберкулеза.

С 1998 г. по 2017 г. отделением руководил д.м.н. профессор - Еримбетов К.Д., под руководством которого разработаны нормативные документы, клинические протоколы по хирургическому лечению легочного туберкулеза, были внедрены в практику новые виды коллапсотерапевтических, коллапсохирургических методов лечения туберкулезных процессов в легких (торакомиопластика с применением силиконового импланта с их различными модификациями, метод клапанной бронхоблокации, на основе сотрудничества с Новосибирским НИИ туберкулеза и непосредственно автором изобретения, профессором Левиным А.В.,  малоинвазивные хирургические вмешательства при резекции легких у больных туберкулезом). 

Для достижения этого направления деятельности операционные блоки отделения были оснащены современным хирургическим инструментарием и видеоторакоскопическим оборудованием от мировых производителей медицинской техники и под руководством  профессора Еримбетова К.Д. были организованы зарубежные стажировки торакальных хирургов страны в госпитале «Бунданг» при Сеульском Национальном медицинском университете в рамках международного сотрудничества между Казахстаном и Южной Кореей, проведены мастер-классы с участием торакальных хирургов из  России и КНР.

За последние 3 года в отделении выполнены свыше 300 малоинвазивных, торакоскопических операции, включая торакоскопические лобэктомии. Результаты выполненных операций были положительно оценены специалистами Южной Кореи, на заседании общества торакальных хирургов Юго-Восточной Азии в 2017г. профессор Еримбетов К.Д., Бектурсинов Б.У. были включены в состав общества ATEP (Asian Thoracic Education Programm).

За период деятельности легочно-хирургического отделения защищены 3 докторские диссертации, 26 кандидатских, 1 магистерская диссертация. Опубликованы 5 монографий, свыше 600 научных статей, получены 17 инновационных патентов на изобретения и 30 свидетельств на рационализаторские предложения. В клинической ординатуре обучено 15 фтизиохирургов, 1 врач обучается в PhD-докторантуре.

Отделение занимается активным внедрением хирургических методов лечения не только больных с туберкулезом легких с множественной и широкой лекарственной устойчивостью, но и у больных с различными патологиями органов дыхания (кистозные гипоплазии, паразитарые кисты, доброкачественные и злокачественные опухоли и др.)