Клинико - диагностическая лаборатория была открыта на базе КазНИИТ в 1933 году. В начале она включала в себя два отдела - клинический и биохимический.

В настоящее время клинико - диагностическая экспресс - лаборатория – является подразделением центра, которое позволяет поддерживать процессы учета и контроля всех основных видов лабораторных исследований: гематологических, биохимических, общеклинических, гормональных, иммунологических, серологических, коагулологических, цитологических.  Внедряются новые методы диагностики туберкулезного процесса у детей и подростков, а также внелегочных форм туберкулеза при помощи теста T-SPOT.TB.

Сегодня лаборатория оснащена автоматическим и полуавтоматическим диагностическим оборудованием, что значительно упрощает контроль над лечением пациентов с ШЛУ и МЛУ.  Клинико-диагностическая экспресс-лаборатория оснащена следующей аппаратурой: гематологическим анализатором SysmexXP-300 (Япония), биохимическим анализатором ВА-400 (Испания), радиометром ABL-80 Flex (Дания), мочевым анализатором Urisis (Корея). В лаборатории внедрен комплекс современных клинико-диагностических исследований. С 2017 года лаборатория имеет международный сертификат внешнего контроля качества исследований.