Отделение дифференциальной диагностики было организовано в 2001 году. Научным руководителем отделения с 2001 по 2006 годы была доктор медицинских наук, профессор Г.Т. Хауадамова. Необходимость проведения дифференциальной диагностики при туберкулезе органов дыхания обусловлена неспецифичностью симптомов, широким диапазоном степени их выраженности, разнообразием картины изменений в легких, выявляемой методами лучевой диагностики, и схожестью их с таковыми при многих альтернативных заболеваниях.

Ежегодно специалистами этого отделения оказывается высокоспециализированная лечебно-диагностическая помощь около 300 больным с различных регионов РК.

За короткий промежуток времени (до 10 дней) больным проводится верификация диагноза с использованием комплекса диагностических мероприятий.

Основания для проведения дифференциальной диагностики возникают в случаях, когда: имеют место атипичные проявления заболевания; полученные результаты обследования характерны для нескольких альтернативных заболеваний; имеется сочетание нескольких заболеваний бронхолегочной системы туберкулезной и нетуберкулезной природы; первоначально допущена неправильная трактовка результатов обследования; отсутствует адекватный ответ на лечение.

Сотрудники дифференциально-диагностического отделения регулярно оказывают научную и практическую помощь во время командировочных выездов в различные области республики, заочные и телемедицинские консультации. На базе отделения проводится обучение врачей-фтизиатров, врачей ОЛС с регионов РК.

Осуществляется подготовка врачей-фтизиатров кафедрами фтизиопульмонологии Казахского медицинского университета непрерывного образования, а также студентов КазНМУ им. Асфендиярова.

В связи с переименованием Центра на ННЦФ РК ведется переподготовка врачей отделения на пульмонологов. В связи с чем, расширится спектр нозологий для лечения и дифференциальной диагностики легочных заболеваний.