Работа отделения центра направлена на лечение пациентов с легочным туберкулезом с множественной и широкой лекарственной устойчивостью. Помимо практической деятельности успешно проводятся научные исследования по определению наиболее эффективных режимов химиотерапии с дальнейшим внедрением в практику. Так, разработаны наиболее эффективные и адекватные схемы лечения МЛУ и ШЛУ ТБ с последующим внедрением их в регионах. Разработан комплекс мероприятий по устранению побочных реакций на резервные лекарства, что также издается в виде методических рекомендаций и внедряется практическим здравоохранением.

Отделение развернуто на 40 коек, основным направлением научно-исследовательской работы отделения является диагностика и лечение легочного туберкулеза с множественной лекарственной устойчивостью.

Работа отделения направлена на оказание высокоспециализированной помощи больных МЛУ ТБ с распространенными и тяжелыми формами туберкулеза, а также с сопутствующей патологией (сахарный диабет, заболевания печени и почек и т.д.), с непереносимостью лекарственных препаратов (токсический гепатит, токсический нефрит, дерматиты, психозы и т.д.). Отделение занимается определением частоты и характера побочных реакций к препаратам второго ряда и методами их устранения.

Отделение легочного туберкулеза с множественной лекарственной устойчивостью №2 является клинической базой для кафедры фтизиатрии и пульмонологии КазНМУ им. Асфендиярова, КРМУ, а также для слушателей курсов усовершенствования врачей. Сотрудники отделения активно участвуют в составе мониторинговых групп, оказывают методическую и практическую помощь по стране, проводят заочные консультации и консультации по телемедицине.