Основоположником отделения был Л.В. Косенко. Детское отделение было открыто в 1934 году, заведующей была профессор Е.А. Трейлих.

Отделение рассчитано на 50 коек для детей в возрасте от 0 до 18 лет. В отделении проводится лечение детей больных активными формами туберкулёза, в том числе МЛУ/ШЛУ ТБ со всех областей Республики.

В настоящее время отделением руководит координатор по детскому туберкулезу, к.м.н. Серикбаева К.С.

В отделении работают врачи-ординаторы с огромным опытом работы, имеющие квалификационные категории по специальности «фтизиопедиатрия»: Серикбаева С.Ш., Кастыкпаева Л.В.

Диагностика и лечение детей больных туберкулёзом осуществляется согласно стандартам, разработанным соответствующим рекомендациям ВОЗ, а также внедряются новые инновационные технологии и результаты научных достижений фтизиопедиатрии последних лет.

Врачами отделения разрабатываются методические материалы по различным разделам фтизиопедиатрии, научные достижения публикуются в журналах, научных сборниках. С целью ранней диагностики туберкулеза у детей широко применяется исследование индуцированной мокроты на МБТ, охват обследованием молекулярно-генетическими методами - 100,0%.

Внедрен новый метод иммунологической диагностики туберкулеза «Диаскинтест», а также T-SPOT.TB тест.

Оказание консультационной помощи Сотрудники отделения постоянно оказывают консультативно-методическую помощь по РК, осуществляют мониторинг выполнения Противотуберкулезной Программы.

При ННЦФ РК функционирует средняя школа, обучающая детей по программе общеобразовательной школы с 1 по 11 классы на русском и на казахском языках. Имеется компьютерный класс для занятий со школьниками. Проводятся факультативные занятия по музыке и изобразительному искусству. На праздники силами учащихся проводятся культурно-массовые мероприятия: развлекательные, обучающие, спортивные.

Строго соблюдаются принципы инфекционного контроля и непосредственного контролируемого лечения. В отделении сохранена традиция преемственности поколений сотрудников всех уровней.

Лозунгом отделения является: «Качественное лечение и доброе отношение к больным детям».